La présence de certains parasites infeste les eaux y créant des maladies telles que la bilharziose (dans les moyennes et basses vallées du Sénégal), l’onchocercose (en haute Gambie), le ver de Guinée (dans les mares de la saison des pluies). La pollution affecte les eaux de surfaces, tout comme les eaux souterraines. Cette pollution est liée à l’usage des produits chimiques entraînés par le ruissellement, les déchets solides et liquides entraînés par l’infiltration.
